元代对武当山道教的扶持政策进一步巩固了其地位。元世祖至元二十二年（1285 年），封武当道士张守清为 “体玄妙应太和真人”，总领武当山道教事务。《元史・释老传》记载，元成宗大德七年（1303 年），朝廷拨银七万两修缮武当山宫观，重建五龙宫、太和宫等核心建筑，新增殿宇三百余间。此时的武当山道教已形成 “全真派” 与 “正一派” 并存的局面，张守清所创 “武当清微派” 融合两派之长，在道教音乐、科仪方面形成特色。
元代画家黄公望曾游历武当山，创作《武当山色图》（现存台北故宫博物院），生动再现了当时宫观掩映于云雾山峦间的景致。