清代统治者对道教的重视远不及明代，尤其是康熙之后，道教在官方的地位持续下滑。武当山作为皇家庙观，失去了朝廷的财政支持和政策倾斜，宫观因缺乏维护资金逐渐坍垮。据《武当山志》记载，康熙年间，太和宫铜殿因雷击受损，仅靠民间信众捐资小修；乾隆时期，紫霄宫部分殿宇坍塌，道士只能在残垣断壁间修行。
民间战乱和自然灾害进一步加速了武当山的衰败。嘉庆元年（1796 年），白莲教起义军途经武当山，部分宫观遭战火焚毁；道光二十六年（1846 年），汉江洪水泛滥，均州城被淹，净乐宫等山下建筑被冲毁大半。到清末，武当山的宫观建筑仅存十之二三，且多为破败之态，南岩宫的 “龙头香” 因安全隐患被封闭，紫霄宫的神像残缺不全，道士人数锐减至不足百人，香火稀疏，昔日皇家圣地沦为荒凉的道教遗存地。
文化传承也陷入困境，武当武术因缺乏系统教习逐渐式微，仅在少数道士中口传身授；道教音乐的曲谱、科仪逐渐失传，只能在民间祭祀中看到零星痕迹。清代文人王士祯游历武当山后，在《太和山记》中感叹 “宫观颓圮，道士寥落，昔时盛景，今已荡然”，生动描绘了武当山在清代的衰落景象。